한국여성경제인협회는 여성경제인의 공동이익 증진과 건전한 발전을 도모하고 여성의 기업활동촉진업무를 효율적으로 수행하고, 여성기업의 활동과 여성의 창업을 적극적으로 지원함으로써 경제영역에 있어 남녀의 실질적인 평등을 도모하고 여성의 경제활동을 제고하여 국민경제발전에 이바지함을 목적으로 1999년 여성기업지원에 관한 법률 제 13조(한국여성경제인협회의 설립 등) 제 1항에 의해  설립되었습니다.

1977년 7월 6일 사단법인 한국여성경제인실업회로 출발하여 1980년 1월 사단법인 한국여성경제인연합회로 개칭.
이후 1999년 2월 5일 여성기업지원에 관한 법률이 제정, 공포됨에 따라 같은 해 6월 14일 동법에 의거, 한국여성경제인협회를 창립하였으며,
7월 9일 서울지회가 분리됨.